Özellikle İstanbul ve Ankara özelinde seçim sonuçlarına yönelik olarak büyük hatalar yapıldığı ya da “organize bir manipülasyon” olabileceği şüphesi gündeme geldiği için bu iki kentte çok sayıda şikayet ve ihbar gündeme geldi. İlk araştırmalar sonucunda İstanbul'da 31 Mart yerel seçimlerinde usulsüzlük yapıldığı belgelendi. 319 bin 518 geçersiz oy olduğu ortaya çıktı. Daha da kötüsü AK Parti ve MHP’nin ortak adayları Binali Yıldırım'ın oylarının başka partilerin adaylarına yansıtıldığı belirlendi. İstanbul'da Şile, Ataşehir, Fatih, Bayrampaşa, Beykoz ve Çatalca gibi bazı ilçelerde Seçim Kurulları oyların yeniden sayımına ve geçersiz oyların gözden geçirilmesine ilişkin karar verdiler. Bu gelişme üzerine ilçelerde sandıklar yeniden açıldı ve geçersiz oylar yeniden gözden geçirilmeye başlandı.
Örneğin eski Başbakan ve TBMM eski Başkanı Binali Yıldırım’ın ailesi ile birlikte oturduğu seçim bölgesindeki sandıktan Yıldırım’a sadece “1 oy” çıktığı kaydedilen sahte belgeler ortaya çıktı.