Semerkant ve Buhara, Maveraunnehr’in başlıca iki önemli şehriydi. Buhara 10 Şubat 1220’de Cengiz Han’a teslim oldu. Ardından Mayıs 1220’de Semerkant düştü. İki mamur şehir baştan sona yağmalanarak yangınlar çıkartıldı. Bu şehirlerde yaşayan halkın tamamı öldürüldü veya başka yerlere sürüldü. Semerkant bu ağır tahribattan sonra, yüz elli yıl harap bir vaziyette kaldı: Meşhur gezgin İbni Battuta 1350 yılında Semerkand’a uğradığında harabeler arasında az miktarda ev bulabilmişti.
Celaleddin Ali b. Hasan Zendi, Moğolların cami yağmaladıklarını, hatta camideki Kur’an sahifelerini atlarıyla çiğnediklerini görünce şehrin en faziletli alimlerinden Rükneddin İmam-zâde’ye tepkisini ifade etmiş, ondan şu cevabı almıştı: “Sus! Allah’ın gazabının rüzgârı esti, onun karşısında duracak güç bizde yoktur.”
Bununla beraber İbnu’l-Esir Rükneddin İmam-zâde’nin, Moğolların esirlere alçakça muamele ettiklerini ve kadınları hırpaladıklarını görünce, kendisi ve oğlu onlarla dövüşerek şehit oldu.
Meşhur Osmanlı tarihçilerinden Ruhi, “Tevarih-i Al-i Osman” (Ruhi Tarihi) adlı eserinde Moğol tehlikesine karşı Alâüddin Keykübat’ın almış olduğu tedbirleri şöyle ifade ediyor:
“Mezkur Sultan Alaaddin eyyamında zühd ve salah hayli revnak tutup enva-i ulum ve emn ü eman anın vilayetinde bî-keran ve refahiyyet-i reaya bî-payan olmuş idi. Padişah ki, oldu evvel Konya’ya baru çeküb, ikinci yılda Sivas’ı bina ittirüb, Erzincan’ı ve Çimişkezek’i ve Kemah’ı feth itti. Ve Erzincan’a dahi baru çeküb Tatar ile müsalaha olup bir kaç yıl sulh mukarrer oldu... İleri ki sayfalarda Tatarların bu sulhu bozup Anadolu’yu yağma ettiği haberi gelmektedir... nagah haber geldi ki, Tatar ahdin sıyub yine yağı olup, gelüp Rum vilayetin (Anadolu) yakub yıkub garat itdi.”