Üniversite özerkliği ve özgürlüğü 12 Eylül Askeri Darbesi ile ortadan kaldırılmıştır.
12 Eylül Darbesi, ABD’nin de etkisiyle, 1961 Anayasası’nın son kalıntılarını da temizlemek için yapıldı.
Askeri Darbe, Türkiye’deki her türlü sol, demokratik, özgürlükçü oluşumu engelledi...
Bu arada, özellikle ABD’nin etkisiyle, İslamcılığın önündeki laikliği ve antiemperyalizme kaynaklık ettiği için Atatürkçülüğü de bastırmak için her türlü önlemi aldı.
12 Eylül Yönetimi bu bağlamda, haksız bir biçimde anarşi kaynağı olarak suçladığı üniversiteleri cezalandırmak ve denetim altına almak için İhsan Doğramacı’nın önerisiyle YÖK’ü kurdu.